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战争时期
袭击发生后，危机处理人员还在处理好多令人焦虑不安的假警报，而空军一号飞往了位于路易斯安那的Barksdale空军基地。警报之一是报告说有针对空军一号的威胁，后来发现是误解了那天早晨狂躁的白宫情报室的一次通讯。
尽管9点55分空军一号起飞时在小学时定的计划是返回华盛顿，特勤局、总统的顾问以及副总统Cheney强烈反对这么做。布什总统只好不情愿的接受这个建议。大约10点10分，空军一号改变了航线转而向西飞行。 最初的目标是找到一个安全的地方——不要太远——然后总统可以降落并向美国人民讲话。特勤局也特别关注于飞机加油和控制出行队伍的大小。总统的军事顾问是一位空军官员，他大约在10点20分很快审查了各选项，并确定Barksdale空军基地作为合适的过渡停靠站。
空军一号大约在11点45分降落在Barksdale，此时当地特勤局办公室的人员还在赶往机场途中。车队中包括一辆由军队官员带头的车和一辆卡车。想在那里进行汇报的剧院中没有电话，也没有电源插头。幕僚们四散去准备另一间房作为总统发言之用，而领头的特勤局特工和他在华盛顿的上级一起讨论了安全状况。总统做完了演讲，出于安全原因是录像播出而不是实况，然后队伍回到空军一号。大家讨论了下站的目的地：特勤局再次反对回到华盛顿，副总统也这么认为。最后选择了内布拉斯加的Offutt空军基地，因为那里的指挥和控制设施比较完善，而且有地方让50个人过一夜。特勤局要找的是能让总统呆上几天的地方——如果有必要的话。
空军一号于下午2点50分抵达Offutt。在大约3点15分，布什总统通过加密的视频会议和他的高级顾问通话。Rice说布什总统以“我们要开战”作为会议的开场白。CIA局长George Tenet说他的部门还在判断谁要为此负责，但是所有早期的信息都指向了基地组织。当晚，副手委员会回头审视了他们在夏天讨论过的总统令。
国防部长下令国家的武装力量进入3号防御状态，军事准备状态得以提升。美国历史上第一次，所有非紧急民航飞机全部停飞，全国有数万计的乘客被滞留。政府持续运作及领导疏散的应急计划被启用。五角大楼被袭击，白宫或者国会山侥幸逃过了被直接袭击。国家的边境和港口采取了特别的安保措施。
下午稍晚时候，总统否决了他的助手坚持不让他回到华盛顿的决定，下令空军一号回到安德鲁空军基地。他乘坐直升机回到白宫，途中飞过了还在燃烧的五角大楼。当晚8点30分，布什总统在白宫向全国发表讲话。他先强调说国家的第一要务是帮助那些受伤的人并保护国家不受更多的袭击，然后他说：“我们对实施这些行动的恐怖分子和那些帮助他们的人一视同仁。”他引用了《旧约·诗篇》之23篇“我虽然行过死荫的幽谷……”。他说，没有一个美国人“会忘记今天。”
讲话之后，布什总统再次和国家安全委员会（NSC）开会，还加入了交通部长Norman Mineta和联邦紧急状况管理部的总监Joseph Allbaugh。在秘鲁得知该袭击事件后返回的国务卿Colin Powell也加入了讨论。他们重新审视了当日发生的事件。