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国内立即的响应
鉴于国内紧急事件不断累积，白宫参谋长联席会议副主席Joshua Bolten组织了一个临时“国内影响”小组。最初几天的议程值得关注，部分是因为它可以作为未来危机规划的检查表。一开始它讨论了如何帮助遇难者以及如何止住美国经济持续受损的问题，如：
- 组织联邦紧急援助。一个问题是，就临近坍塌大厦的低曼哈顿地区的空气质量应给出怎样的公共卫生建议。
- 对死难者的赔偿。他们讨论了立法选项，最终决定设立一个联邦赔偿基金，并确定了运行该基金的特别长官的权力。
- 确定联邦援助。9月13日，布什总统承诺为纽约提供200亿美元。这一数字是额外的。他的预算总监之前已经估计到整个国家可能需要200亿美元。
- 恢复民航。9月13日早晨，那些满足新的临时安全标准的机场可以使用重新开放的空域。
- 恢复金融市场。在白宫、财政部、证券交易委员会的非常紧急努力下，在通常竞争激烈的金融行业前所未有的合作下，市场在9月17日星期一重新开启。
- 确定边境和港口的安全状态何时并如何恢复到更常规的运作。
- 评估立法请求以保护航空工业并限定其责任。
审视这些问题的过程表明，缺乏一个有效的、专门的政府部门来评估缺陷并处理保护和准备方面的问题。尽管好多部门都参与了部分，但是没有一个部门将安全作为其首要的任务。
9月14日，副总统Cheney决定建议——至少是作为第一步——成立一个新的白宫机构来协调所有相关部门，而不用面对将这些部门合并成一个新部门会带来的挑战。这一新的白宫机构将是国土安全顾问及——和国家安全委员会平行的——国土安全局。副总统Cheney和总统布什还有其他顾问讨论了该提议。在9月20日国会联席会议的演讲中，总统布什宣布了这一新职位以及首任长官宾夕法尼亚州长Tom Ridge。
从9月11日开始，移民规划局（INS）与FBI特工合作，开始以违反移民条例为由逮捕那些FBI调查911袭击所跟踪的线索中找到的人员。最终有768名外国人作为“特别感兴趣”的人被捕。有些人（如Zacarias Moussaoui）在9月11日之前实际上就已经被INS羁押，大部分是在之后逮捕的。总检察官John Ashcroft告诉我们，他认为他这一方面的努力工作是“规避风险”，既要找到谁实施了袭击，也要预防进一步的袭击。Ashcroft命令所有特别感兴趣的听证都不对公众、家庭成员和媒体开放，并命令政府检察官寻求拒绝保释，直到FBI或者其他部门“漂清”了他们与恐怖分子的联系，还下令对被逮捕的人的身份保密。以违反移民条例起诉的INS的检察官在获得被羁押的人员的信息以及他们和恐怖分子的联系时遇到困难。袭击带来的混乱使得他们很难接触到执法人员，因为后者正跟踪着别的线索。司法部批准请求的步骤很耗费时间，平均要用80天。
我们评估了这一羁押“特别感兴趣”的外国人的行动。被羁押的人以移民罪被起诉是合法的。记录显示531人被驱逐出境，162人获得保释，24人获得了某种程度上的移民好处，12人的调查被终止，有8人——其中有Moussaoui——送回美国法警处羁押。司法部的检察长发现在处理911被羁押人员上有很大的问题。在回应911羁押程序对反恐有没有好处的要求时，司法部引用了列在特别感兴趣羁押人员表上的六个人例子，表示有两人（包括Moussaoui）直接与一个恐怖组织有关，并且获得了新的线索帮助911恐怖袭击的调查。一位高级的基地被羁押人层说，911之后美国政府对本土监视的努力，包括审查穆斯林移民文件并驱逐非永久居民的行动，迫使基地在美国的行动少了很多自由。
911之前，政府在国内收集情报的能力，以及在情报部门和执法部门之间分享这样的信息的能力并不处在优先地位。2001年8月副总检察长Larry Thompson签署的关于这一话题的指导意见基本上只是重复了之前的方向。但是911袭击改变了一切。9月11日之后不到一个星期，后来最终成为爱国法（官方名称是美国爱国法）的最早版本已经成型。提案的核心条款是去除情报部门和执法部门之间的信息共享的“墙”（讨论见第三章）。Ashcroft告诉我们，他下定了决心要采取所有可能的行动，只要宪法允许，来辨识潜在的恐怖分子，消除更多的袭击。政府起草了一个提案，最终获得国会两院绝大多数票的支持，并于10月26日签署成为法律。
沙特公民离开美国的航班
对于911余波之后从美国离开的沙特公民，提出了三个问题：1. 美国空域在2001年9月13日重新开放之前，有没有搭载沙特公民的航班起飞？2. 为了协助沙特公民离开，有没有进行政治干预？3. FBI在沙特公民离开前是不是对他们进行了彻底的检查？
首先，我们没有证据证明在2001年9月13日美国空域重新开放之前，有任何沙特公民的（国内的或国际的）航班起飞。相反，我们所能确定的所有航班都在美国空域重新开放后发生。
第二，我们没有证据证明有任何的政治干预。我们没有证据表明，在白宫有任何人员（高于Richard Clarke）参与了沙特公民返回的决定。这一问题的提出是在一次由Clarke主持的跨部门视频会议中，而Clarke说，在这件事上升到他的级别的跨部门讨论时，他批准了FBI应如何处理这样的事情。Clarke说，“我要求FBI的Dale Watson……进行处理，检查下他们是不是没问题，看看他们是不是要接触其中的任何人，然后回复我。如果他们没有什么意见，我也没有什么问题。”Clarke补充说，“我不记得和白宫的任何人就此事请求过指示。”
尽管白宫参谋长联席会议主席Andrew Card记得有人在911之后不久告诉了他沙特的请求，他说他并未和沙特谈话，也没有要求谁去做些什么。总统和副总统说他们根本不知道这件事，直到很久以后媒体曝光了此事。我们面试的所有官员都无法回忆起从哪位政府官员处得到任何对此事的干预和指令。
第三，我们相信FBI对那些搭乘专机离开美国的沙特公民进行了令人满意的检查。沙特政府得知并同意FBI的要求：乘客的身份要明确，在起飞前经由多个数据库进行检查。在FBI行动中心工作的联邦航空局代表确保FBI知晓沙特公民的航班，并能在他们被允许起飞前对他们进行检查。
起飞前，FBI面试了所有在航班上他们感兴趣的人。他们的结论是所有这些乘客与911袭击无关，该结论到目前仍然没有新的证据来推翻。我们对牵涉到的沙特公民做的独立审查确认这些航班上离开的人和恐怖主义没有我们已知的联系。