USS科尔号的袭击
在第5章中，我们已经说过，和Khalid Sheikh Mohammed一起还有两个人：Khallad和Nashiri成为基地的行动协调人。我们已经说到，两人都参与了1998到1999年间用一艘装满炸药的船袭击也门海岸上一艘船的准备工作。最初他们的目标是一艘商业船只，特指一艘油轮。但是本拉登要求他们转而寻找一艘美国的战舰。2000年1月，他们的团队试图袭击亚丁港的一艘战舰，但是由于自杀船沉了而失败。9个多月之后，2000年10月12日，基地的行动人员乘坐一艘装满爆炸物的小艇袭击了一艘美国驱逐舰：USS科尔号。爆炸在科尔号的一侧舷造成了一个窟窿，舰上17名成员死亡，至少40人受伤。
我们现在知道，这一计划是一个完全成熟的基地的行动，由本拉登直接指挥。他选定了袭击的目标和地点，选定了自杀行动人员，提供了采购炸药和设备的资金。Nashiri是战地司令官并在也门执行该行动。Khallad在也门进行辅助，直到他因错误的身份而被捕。我们已经描述过，他最终在本拉登的帮助下获释。在当地进行协调的基地成员包括Jamal al Badawi和Fahd al Quso。后者被安排在就近的一个公寓中摄录袭击的过程。被选定的两个自杀人员是Hassan al Khamri和Ibrahim al Thawar（也叫Nibras）。Nibras和Quso给身处曼谷的Khallad汇去资金（2000年1月Khallad在吉隆坡和曼谷旅行）。
据说在2000年9月，本拉登对Nashiri说，他想替换Khamri和Nibras。Nashiri对此很生气、很失望。他对其他人说，他要去阿富汗向本拉登说明新的行动人员已经受训完毕并准备进行袭击。在离开之前，Nashiri向Nibras和Khamri下令，执行对下一艘进入亚丁港的美国军舰的攻击。
Nashiri在阿富汗的时候，Nibras和Khamri等到了他们的机会。他们将载满爆炸物的小船驶向USS科尔号，向船员发出友好的手势，然后引爆了炸弹。Quso没有来得及赶回公寓录下此次袭击。
而在阿富汗，本拉登预计到了美国的军事报复。他命令从基地的坎大哈空军基地撤离并开始逃亡。显示逃到喀布尔附近的沙漠地区，然后是Khowst和Jalalabad，最后回到了坎大哈。在坎大哈，他轮流住在5或者6个住所，每个住所只呆一个晚上。除此之外，他将他的高级顾问Mohammed Atef派到坎大哈的另外一个部分，而派他的副手Ayman al Zawahiri去往喀布尔，以免三人在同一次袭击中丧命。
但是并没有美国的袭击。2001年2月，有消息称一位他称为大导师（有可能是指本拉登）的人常常抱怨说为什么美国还不进行攻击。据该消息来源称，本拉登希望美国来攻击，而如果等不到，那他会搞一票更大的。
对USS科尔号的袭击对基地组织的招聘努力是个刺激。袭击之后，本拉登命令其媒体委员会（那时还是由Khalid Sheikh Mohammed领导）制作一本宣传视频，包含该次袭击的重演，还有一些基地训练营和训练方法的图片，同时还强调了在巴勒斯坦、克什米尔、印尼、车臣的穆斯林们遭受的痛苦。基地的形象对本拉登非常重要，而该视频得到了广泛的传播。该视频的片段在Al Jazeera，CNN和其它电视频道播出。视频还在广大沙特和也门的年轻人中传播，导致众多极端主义者来到阿富汗接收训练和圣战。基地成员将该视频作为一种有效的工具，凸显他们在其它伊斯兰和圣战运动中的杰出地位。
对袭击的调查
来自FBI、海上刑事调查局和CIA的团队立即被派往也门对袭击进行调查。美国驻也门大使Barbara Bodine费尽口舌试图说服也门政府接纳这些访客并允许他们携带武器，而也门人是反对让美国人在公开场合携带长武器的（步枪、散弹枪、自动武器）。与此同时，Bodine和FBI团队的领队John O'Neill一直发生冲突：甚至在O'Neill轮岗离开也门后要求返回时，Bodine拒绝了这一请求。尽管在一开始有着紧张气氛，也门和美国的联合调查还是展开了。不到几个礼拜，事情的梗概有了眉目。
在科尔号被袭击的当天，一批嫌犯聚集在一起，其中包括基地的同伙，埃及伊斯兰圣战组织。美国反恐官员告诉我们，他们立马就认定基地对此负责。但是当中情局副局长John McLaughlin对我们进行陈述时，他认为这一行动不足以被认为是基地的行动。要使得证据链完整，CIA需要的不是一个单纯的假设，而是需要一个连接，一个指向某个已知为基地行动人员的连接。
袭击发生的第一周，也门人找到并逮捕了Badawi和Quso，但没有让FBI参与审讯。CIA对也门在科尔号之后最初阶段提供的支持是“缓慢而不足的”。克林顿总统、国务卿奥尔布赖特、中情局局长Tenet都介入此事予以帮助。由于得到的信息是二手的，美国人无法就可信度作出自己的判断。
11月11日，也门向FBI提供了审讯Badawi和Quso而得到的新信息，包括对嫌犯从其获得行动指示的那些人的描述。其中之一是Khallad，说他丢了一条腿。嫌犯说Khallad从阿富汗或者巴基斯坦帮助指挥了科尔号行动。也门当局（正确地）判断出被描述为Khallad的人就是Tawfiq bin Attash。
FBI的一个特工认出Khallad这个名字，并将该消息和一位经常和CIA和FBI官员会面的重要基地线人提供的情报相关联。该线人将Khallad称为本拉登的“听差”，并说他在几年前基地训练的一次爆炸事故中丢了一条腿。为了确认身份，FBI特工要求也门方面提供Khallad的照片。也门当局于11月22日提供了Khallad的照片，并在此确认他们认为Khallad是阴谋家和本拉登之间的中间人。（几周后的12月16日，该线人在和美国官员的会面时，根据照片确定了Khallad的身份。）
美国情报部门早已将Khallad挂钩到基地恐怖主义行动上了，包括1998的大使馆爆炸案。到此时，也门方面也确定了Nashiri的身份，他也挂钩到基地和1998年的大使馆爆炸，而且更出名。
换句话说，在11月下半月，也门当局提供了强有力的证据，将科尔号袭击和基地挂钩，确认了行动人员身份，而美方也知道这些人属于基地组织。在12月，美国已经可以确定该证据。但是美国没有本拉登亲自参与该行动的证据，直到Nashiri和Khallad分别于2002年和2003年被捕。
对反应的考虑
科尔号被袭一事引发了如何对付基地的进一步思考。Clarke说，在科尔号被袭后，Berger严厉地谴责Tenet局长，不断责问他为什么美国竟然如此容忍这样的袭击，而Tenet不得不走出了首脑会议。
CIA有一些额外的秘密行动授权，在1999年7月的MON中规定的美国可以在不同的地方和场合采取抓捕行动的基地领导人名单中又加入了几个名字。Tenet又增加一些选项，例如和北方联盟和乌兹别克加强联系，阻碍近期基地在黎巴嫩的行动。
在外交策略方面，Berger在2000年10月30日同意由国务部再次接触塔利班副外长Abdul Jalil讨论流放本拉登的事宜。国家安全顾问命令，美国给出的信息必须“严厉而又有先见性”。这次的警告和1998年、1999年的警告相似。与此同时，政府也和俄罗斯合作，展开对Mullah Omar帝国的心的联合国制裁。
克林顿总统告诉我们，在他针对阿富汗的基地组织采取进一步打击，或者向塔利班给出最后通牒，警告他们如果不立即流放本拉登的话将面临打击之前，CIA或者FBI必须充分确定他们“愿意面对公众站出来，声明我们相信是他（本拉登）干的。”他说他很失望，因为他无法得到一个足够确定的回答从而针对科尔号被袭采取什么行动。类似的，Berger回忆道，如果总统要开展，他必须能声明他的高级情报官员和执法官员已经得出结论谁应对罪行负责。他回忆道，情报部门的怀疑是强烈的，但是在“离开办公室的时候得不出结论说是基地干的。”
情报人员当时是怎么想的，我们对此唯一的资源是他们在非正式通报中所说的内容。科尔号事件后不久，以及在克林顿政府剩余的执政事件内，分析人员不再分发谁应负责的书面报告。这一话题当然很敏感，也门的大使Bodine和华盛顿的分析师们都认为政府并不希望这些报告在各个部门间传来传去，从而被公众知晓，从而被迫采取执法行动，或者将总统逼到角落里去。
于是，随着更多情报的获得，白宫和其它首脑们依赖于非正式的更新。虽然Clarke担心CIA在分配基地的负责方上可能有自相矛盾的地方，他在11月7日写给Berger说分析师是如此描述他们的案例的：“充斥着鹅掌、苍蝇还有欺骗。”11月10日，CIA分析师向首脑小团队作出简报，他们的初步发现是该次袭击是由一组也门居民实施的，这些人很可能得到基地的某种支持。但是关于来自外部的赞助、支持和行动指挥的信息还不是决定性的。第二天，Berger和Clarke告知克林顿总统，尽管调查还在继续，但是本次爆炸是由基地策划并指挥的这一事实越来越清楚了。
到11月中，基地参与行动的证据越来越明显，Berger要求Shelton将军委派CENTCOM新的指挥官Tommy Franks将军再次审视一下可选的方案。Shelton很想展示一下军方是具有足够的想象力和知识来执行一组选项，并同时说明行动的复杂性。他向Berger简要汇报了自1998年开始研究的“无限解决”打击方案，参谋长联席会议和CENTCOM在夏天将其精炼为一个列表，包括13种可能性或其组合。CENTCOM还加入了一个新的“分期行动”概念，采取更广范围的打击，包括袭击塔利班。这些打击第一次展示了针对塔利班进行无限期的空中打击。军事策划人员没有包括入侵阿富汗的应急方案。这一概念在12月20日汇报给国家安全副顾问Donald Kerrick和其它官员。
11月25日，Berger和Clarke写信给克林顿总统说，尽管FBI和CIA的调查没有获得正式的结论，他们相信调查将很快得出结论，即该次袭击由一大群人员执行，且其高级成员属于基地。参与人员中的大多数都在本拉登运作的阿富汗训练营中受过训，Berger接着写道。到目前为止，还无法将本拉登个人与该次袭击挂钩，没有听到他直接下命令进行攻击，但是有两份情报指出他参与其中。在讨论可能的回应措施时，Berger认为前提（基地对此负责）是一个“未被证明的假设”。
还是在同一份11月25日的备忘录中，Berger知会克林顿总统一个被紧密关注的想法：向塔利班发出给予它一个最后机会的最后通牒。Clarke为这一想法的进展加入了特定的要求：立即阴毒本拉登和他的助手们到一个法制政府进行审判，阿富汗境内关闭所有恐怖主义设施必须明显可见，在90天内从阿富汗境内驱逐所有恐怖分子。不遵照执行的话，将意味着美国“军队将直接针对塔利班”，且美国将尽力保证塔利班永远无法击败北方联盟。但是这样的一个最后通牒没有被发出。
差不多一个月后的12月21日，CIA向首脑小团队做了调查团队的发现的另一次汇报。CIA简报的幻灯片说，他们的“初步判断”是本拉登的基地组织“支持了（针对科尔号）的该次袭击”，其依据是强有力的周边证据将该次袭击的关键罪犯与基地挂钩。CIA列出了关键的嫌犯，包括Nashiri。另外，CIA细化了行动的时间线，自1999年中的准备开始，然后是2000年1月3日袭击USS苏利文号未遂，知道该次袭击前一天行动人员的聚会。
幻灯片说，至今CIA“这次袭击来自外部的指令的关键问题：如何指挥，由谁指挥，都没有确定的答案。”CIA注意到也门政府声称Khallad可能是以本拉登中间人的身份从阿富汗或者巴基斯坦帮助指挥了本次行动，但是它们没有看到也门方面的证据。但是，CIA从线人和电子情报中得知，Khallad是和基地挂钩的。CIA准备的简报总结说，尽管有些关于基地所扮演的角色的报告可能有价值，但是它们没有提供什么细节。情报本身给出了关于基地是否指挥本次袭击的模棱两可的结论。
克林顿总统和Berger告诉我们，这不是他们想要的结论。他们要的结论是可以进行宣战或者给塔利班一个最后通牒威胁宣战。选举和权力的更迭并不是问题，克林顿总统补充说。时间是充裕的。他说，如果特工部门给了他一个确定的答案，他会寻求获得联合国安理会的最后通牒，给予塔利班1-3天的时间，再采取针对基地和塔利班的进一步行动。但是，他认为如果仅仅基于“初步结论”就开始入侵另一个国家对一个总统而言是不够负责任的表现。
其它顾问也给出类似的担心。国务卿奥尔布赖特的一些幕僚当时警告她说，需要确认证据是能决定性的将科尔号连接到本拉登的，才能考虑任何反应，特别是军事反应，因为这样的行动有可能激怒伊斯兰世界并增加对塔利班的支持。国防部长Cohen对我们说，仅仅基于基地组织应该负责的假设，而去冒杀死平民的风险是不审慎的。Shelton将军补充说，有一个问题需要回答：谁为此负责？还有，目标究竟是哪些？
Clarke回忆说，尽管五角大楼和国务部对报复有一些保留意见，该问题从来没有上报给高层，因为FBI和CIA从未得到一个确定的结论。他认为他们在“隐瞒”。他说他不知道为什么，但是他的感觉是，Tenet和Reno可能觉得白宫“并不真的想知道”，因为到11月份为止，首脑们的讨论结果暗示着这样一个情况：在本届政府最后的几周里对阿富汗采取进一步的军事行动并不是白宫的兴趣所在。他认为，与之相反，克林顿总统、Berger还有国务卿奥尔布赖特正集中精力为巴勒斯坦和以色列之间的和平协议进行最后的推动。
Clarke有些反恐官员（如国务部的Sheehan和FBI的Watson）和他一样失望，因为在那时没有采取任何军事反应。Clarke最近回忆道，愤怒的Sheehan措辞优雅地问国防部的官员：“是不是要基地袭击了五角大楼，你们才会有兴趣？”
关于证据方面的问题，Tenet告诉我们他很意外的得知白宫在等待他的结论——谁为科尔号袭击负责——才会针对基地采取行动。他记不起Berger还是别的什么人告诉他说他们正等着CIA和FBI说出那些有着魔力的词句。他也记不起和Berger或者总统讨论过报复的问题。Tenet告诉我们，他相信应该由他来陈述这个案例。但是该由首脑们来决定案例是否足够好从而可以采用武力。他相信他在调查过程相对的早期已经列出了可以知道的东西，而这一证据直到911之后也从未有变化。
一位CIA官员告诉我们，CIA的分析人员选择使用“初步结论”这个字眼是因为他们对证据的概念是出于情报标准的，而该标准是和法律标准不同的。他们说，由于袭击是所谓罪行调查的主题，“初步”这个字眼被用来避免把政府锁死，以便日后在法庭上被辩方律师引用这些陈述。当时，Clarke知道如何区分一个情报案例和一个执法案例。要求美国执法机构与一个情报案例保持一致，而如果此时他们的调查还没有得出结论“将可能引发起诉，即政府被指控在最后的有罪判定得出之前就采取了行动。”
部门间没有考虑实际情况下军事行动可能会是怎样的，无论是五角大楼新提出的“分期行动”还是被拖延了很久的在阿富汗境内的空中行动。国防部官员（如副国务卿Walter Slocombe和海军中将Fry）告诉我们，用昂贵的导弹去打击那些造价低廉、设施落后的训练营没有什么好处，甚而言之，如果杀不死本拉登，还会对基地有好处。
2000年末，CIA和NSC官员开始思考他们将向新政府提陈的反恐政策计划。反恐中心写下他们认为今后最好的想法，并认为这不会受到之前的政策或资金方面的约束。这一报告因而被非正式的称为“蓝天”备忘录，并于12月29日提交给Clarke。该报告建议：
- 通过共享情报和增加资助大力支持北方联盟，从而它可以抵抗塔利班军队并限制基地战士。这一努力并不是想要剥夺塔利班的政权——这一目标已被证明为不现实，而且只是CIA去实施的话，代价高昂。
- 增加对乌兹别克的支持，增强它反恐和帮助美国反恐的能力。
- 帮助反塔利班团体和代理人，他们可能会有勇气消极的抵抗塔利班。
CIA备忘录也提到没有“一颗‘银子弹’去处理阿富汗日益增加的问题。”需要一个多面的策略来产生改变。
克林顿政府执政的最后几个星期，这些想法都没有被付诸行动。Berger记不起曾看到或有人向他汇报过蓝天备忘录。该备忘录也没有在交接过程中和到来的布什政府中的高级行政官员进行过讨论。Tenet和他的副手告诉我们，在新政府当权后，他们曾经将这些想法作为可选方案向新政府施加过压力。
由于克林顿政府即将结束，Clarke和他的幕僚们为他们自己准备了一份政策报告，这是1998年Delenda计划后第一次进行这么全面的努力。最终的文件题为“消除来自基地圣战网络的威胁的战略：现状和展望”。文件讨论了威胁和到目前为止的记录，包含了来自蓝天备忘录的CIA的新想法，提出了一些近期可用的政策。
Clarke和他的职员们建议的目标是在3-5年的时间内将基地“击退”。随着时间的推移，该政策将试图削弱并消灭该网络的基础设施，目的是将其削弱到一个“肉肉的组织”，就像那些80年代时的恐怖组织那样——当时可是对他们害怕至极，而如今他们已经很大程度上消亡了。“以目前的水平进行持续的反基地行动将阻止某些袭击，”Clarke的办公室写道，“但不会严重削弱他们计划并执行袭击的能力。”该报告支持对北方联盟的秘密帮助，对乌兹别克斯坦的秘密帮助，并于2001年3月恢复了掠食者飞行。有一段呼吁采取军事行动，摧毁基地的命令及控制目标和基础设施，摧毁塔利班军事和指挥设施。报告同时对在美国境内存在基地行动人员表示了担忧。