改变和照旧
2000年11月7日，美国的选民们参加了总统选举，这次选举最终成为美国历史上最接近的总统选举之一，这次选举行动也严重缺乏对基地威胁和恐怖主义的严肃的讨论。选举夜最终成为长达36天的法律官司。直到21月12日最高法院作出54号判决，以及副总统Al Gore作出让步，没有人知道到底是Gore还是他的共和党对手、德州州长乔治·W·布什会在2001年成为总统。
对于选举的争论和长达36天的拖延，将常规的过渡期缩短了一半。既然美国的总统选举会带来人事的大变更，其所损失的时间妨碍了新政府确定、聘用人员，清除障碍并获得参议院对关键任命的同意。
从旧的到新的
布什的白宫幕僚中，关键人物应该是国家安全顾问Condoleezza Rice，她曾是老布什政府时NSC的成员。Rice的副手Stephen Hadley是老布什任上的助理国防部长。参谋长Andrew Card，也曾担任副参谋长，是老布什政府的交通部长。至于国务卿，小布什选择了Colin Powell，他曾是里根总统的国家安全顾问，当时是参谋长联席会议主席。布什选择Donald Rumsfeld作为国防部长，他是前国会议员，白宫参谋长，并在福特总统任上已经担任过国防部长。布什很快就决定Tenet继续留任CIA局长。而Louis Freeh，他的任期是固定的10年，将继续留任FBI局长，直到他于2001年夏天自愿离职。
布什和他的主要顾问都接受了关于恐怖主义（包括本拉登）的通报。2000年9月初，CIA代理副局长John McLaughlin带队前往布什在德州Crawford的农场，向他进行了四个小时之久、范围广泛的机密信息的汇报。CIA反恐中心副主任Ben Bonk占用了其中的一个小时讨论恐怖主义。为了强调恐怖分子一旦获得化学、生物、辐射以及核武器的危险，Bonk带了一只仿造的箱子，用以模仿奥姆真理教的末日祭是如何于1995年在东京地铁中散播沙林毒气的。Bonk告诉布什，接下来的四年中，将会有名美国人死于恐怖主义。竞选日之后漫长的争辩过程里，CIA在Crawford设立了一个办公室，向布什和他的一些关键顾问提交情报。Tenet和他分管行动的副局长James Pavitt在交接期于Blair House向当选总统布什进行了简要汇报。布什总统告诉我们，他问Tenet，CIA能不能杀死本拉登，Tenet回答他说杀死本拉登会有效果，但是不会结束威胁。布什总统对我们说，Tenet告诉他CIA需要的授权都已经到位了。
12月，布什会见了克林顿。会议进行了两个小时，他们一对一的讨论了国家安全和外交政策所遇到的挑战。克林顿回忆道，他这样对布什说：“我认为您会发现，到目前为止，您最大的威胁是本拉登，还有基地组织。”克林顿告诉我们，他还说：“我总统任期最大的遗憾之一就是我没能为您逮住他（本拉登），我试过了。”
布什对委员会说，他肯定克林顿总统提到了恐怖主义，但是不记得说到过基地组织。布什回忆说，克林顿强调了其他的事项，比如朝鲜，还有以色列-巴勒斯坦的和平进程。
1月初，Clarke就恐怖主义向Rice做了汇报。他还向当选副总统Cheney，Hadley和当选国务卿Powell做了相同的陈述：基地既是一个进化着的全球圣战分子网络，又是一个有着致命威胁的核心恐怖分子组织。简报幻灯片中有一行说到，基地在包括在内的超过40个国家中有沉睡单元。Berger对我们说，他提出在Clarke向Rice汇报时也加入从而可以强调这一事件的重要性。当天稍后，Berger见到了Rice。他说他告诉她，布什政府应该在总体上多花一些时间在反恐上，特别是针对基地，而不是花时间在别的事情上。Rice的回忆是，Berger告诉她，如果她知道她要在反恐上花的时间远远超出她的预期时，她会惊讶的。但是他们对话的大部分时间是在步履蹒跚的中东和平进程以及朝鲜上。Clarke说，新的团队已经不当政8年了，他们去理解基地和新的跨国家的恐怖威胁的学习曲线会很陡峭。
组建新政府
在短暂的过渡期中，Rice和Hadley集中于职员和组织NSC。他们的政策优先级和克林顿政府的不同。这些优先级包括：中国，导弹防御，中东和平进程的破裂，还有波斯湾。总的来说，他们知道自从老布什政府之后恐怖主义已经发生了改变，他们特别关注在反恐政策应该如何协调的问题上。Rice要求弗吉尼亚大学的历史学教授Philip Zelikow就转型问题给出建议。Hadley和Zelikow要求Clarke和他的副手Roger Cressey进行一次关于恐怖主义以及Clarke的跨国威胁处理局长以及反恐安全小组是如何工作的特别汇报。
老布什时代的NSC时，很多复杂的问题是在副手委员会层面上处理的。这些问题不会上达到首脑层面，除非副手们没法解决。克林顿政府时期的第62号总统行政令特别指出，Clarke的反恐安全小组应该向副手委员会汇报，或者经过Berger同意才可直接向首脑汇报。Berger在操作中允许Clarke的团队如同一个平行的副手委员会一样工作，直接向那些同时是特别小团体内成员的首脑委员会成员汇报。Clarke自己是那里事实上的头。
Rice决定改变这一为了协调反恐政策而建立起来的特殊架构。她认为，为了健全政策制定，很重要的一件事情是Clarke的跨部门委员会应该和别的委员会一样，经由副手们向首脑汇报。
Rice最初的一个决定是，直接控制Clarke和他所有的反恐成员。她说对于新政府来说这个决定也是很少见的。她同时决定Clarke继续留任国内反恐协调员的职务，尽管他不再因为他本身的事务要求而成为事实上的首脑委员会成员。留任Clark的决定，Rice说，“不是没有引起争论”，因为大家都知道他“打碎了碗”，但她和Hadley需要一个有经验的危机管理者。Berger的团队中没有人比Clarke对政府杠杆的理解更详细。
Clarke对看起来的降职有点失望。他同时担心通过副手委员会汇报会拖延反恐的决策。
最终结果，与过渡时期所有相关的改变一起，保证了反恐政策得以极大的延续。Clarke和他的反恐安全小组将继续负责协调。Tenet留任CIA局长，保留了主要的下级，包括Black和他在反恐中心的成员。Shelton留任参谋长联席会议主席，而参谋长成员也基本差不多。在FBI，Freeh局长和分管反恐的Dale Watson副局长留任。国务部和五角大楼工作层面上的反恐官员也留任，这也是常例。改变发生在内阁和次内阁层面，还有是CSG的汇报安排。在次内阁层面，确定关键官员时有着明显的拖延，特别是在国防部。
布什政府流程和前任相比，既更正规又更不正规。克林顿总统是位贪婪的读者，他以书面形式收到每日情报摘要。他通常会在边距处潦草地写下问题和批注，给出书面的回应。相反，新总统恢复了和DCI面对面汇报的习惯。布什总统和Tenet在8点于椭圆形办公室会面，通常在场的还有副总统Cheney，Rice和Card。总统和DCI都告诉我们，这样的每日例会提供了一个很有用的机会，大家可以就情报方面的问题交换意见。
总统和Rice每天都讨论，而她继而至少每天通过电话和Powell和Rumsfeld交流。结果就是总统经常觉得开正式会议的需要减少了。但是，如果他决定一件事情或者一个问题需要采取行动，Rice通常会打给Hadley要求副手委员会提出并讨论可选项。总统说这个过程通常会让他失去耐性，但是他知道协调是必要的。
早期的决定
布什宣誓就任后的头几天，Clarke和Rice进行接触，试图说服她——还有新总统——给予反恐非常高的优先级，并按照他在上个政府最后几个月时他推动的日程行事。在Rice要求所有高级官员确定令人满意的重要政策复审和创新后，Clarke于2001年1月25日提交了一份详细的备忘录。他还附加了他1998年的Delenda计划和2000年12月的策略报告。“我们//迫切//需要……就基地网络进行首脑级的审阅，”Clarke这样写道。
他希望首脑委员会能决定基地是否是“首要威胁”还是一个相对更缓和的担忧，只是被“小鸡仔”们的警告过分渲染了。他引用为Rice准备的过渡期简报说，基地“不是什么狭窄、小型恐怖事件而只需将其包括在更广范围的区域政策之中。”他说，有两个关键的决定被拖延了，一个是秘密支持北方联盟使其存活，以便应付开春后阿富汗境内的开战，还有就是秘密支持乌兹别克。Clarke同时建议，还应该尽快做出决定就基地在阿富汗境内避难一事应如何向塔利班和巴基斯坦措辞，是否应该为CIA行动拨付额外的款项，还有“什么时候以及如何就USS科尔号被袭做出反应。”
国家安全顾问没有直接回应Clarke的备忘录。在2001年9月4日前没有就基地一事召开首脑会议——虽然期间首脑会议就其它问题常常会面。这些问题中包括中东和平进程、俄罗斯和波斯湾。但是Rice和Hadley开始注意Clarke列出的那些问题。自宣誓就职日开始，对科尔号被袭如何做和怎么说就是一个很明显的问题。袭击发生时距离选举25天，参选的布什对CNN说：“我希望我们能获得足够的情报，确定是谁干的，然后采取必要的行动。必须要有反应。”由于克林顿政府没有采取军事反应，那么布什政府应该做什么呢？
1月25日，Tenet就科尔号调查向总统进行了汇报。这个书面报告向新政府的高官们重复了CIA在去年11月向克林顿政府汇报的内容。其中包括“初步判定”基地应对此负责，同时声明还没有找到证据说本拉登亲自下令进行攻击。Tenet告诉我们，他不记得和总统就本次汇报进行过交谈。
在1月25日的备忘录中，Clarke建议Rice，政府应该相应科尔号被袭事件，但是“应该充分利用政策，在我们自己选择的时间、地点、方式进行回应，而不只是‘膝跳反射’。”副总统Cheney于2月中访问CIA之前，Clark发给他一个备忘录——而这是超出常规的白宫文件管理系统的——建议他要求CIA官员“还需要什么额外的信息，CIA才能确定基地应该为科尔号负责。”2001年3月，CIA向Rice进行汇报的幻灯片中还在讲述CIA的“初步判断”，可以做出“很强的间接证据的指控”针对基地，但是说CIA还是“缺少（关于袭击）的外部指挥和控制的决定性的信息”。Clarke和他的助手们不断的向Rice和Hadley提供证据加强针对基地的指控，并迫切要求采取行动。
总统解释说，他的担心是，一次不成功的控制打击只会给予本拉登宣传优势。他说他并未从克林顿政府那里得到关于塔利班的警告。总统还说他的结论是美国要进行这样的动作那得采取地面武装才是。
Rice说没有一个正式的书面的决定说特别针对科尔号不会采取任何报复行动。和总统、和总统还有Tenet、她和Powell还有Rumsfeld之间的沟通的结论是，“针锋相对”的反应只会带来反面效果。她认为，这就是1998年8月导弹袭击所带来的后果。五角大楼的团队并未强烈要求行动。与之相反，Rumsfeld认为已经过了那么多时间，他的副手Paul Wolfowitz认为科尔号袭击已经“陈年”了。Hadley说最终政府针对科尔号的真正反应将是全新的、更有侵略性的针对基地的战略。
政府决定向国会建议，显著地提高国家安全机构——包括CIA和FBI——反恐的经费。其中包括CIA反恐经费增加27%。
开始回顾
3月初，政府推迟表决向北方联盟和乌兹别克增加资助的议案。Rice注意到当时首先需要的是对阿富汗政策进行更广范围的审查。她希望该审查快点进行。
Rice和其它人回忆道总统说：“我已经厌倦了打苍蝇了。”据说总统还增加说：“我厌倦了防守，我要进攻。我要对恐怖分子开战。”布什总统解释说他开始失去耐心了。显然，他听说过击退基地的方案，但是觉得一个一个、哪怕一个单元一个单元地去抓捕恐怖分子的方法，从长远来看，不像是一个能成的方法。同时，他说，他知道政策的制定需要慢慢来，从而外交、经济和军事的手段可以互相融合。
Hadley在3月7号召集了一次非正式的副手会议，而当时还有一些副手还没有确定。Clarke的种种建议——支援北方联盟和乌兹别克，掠食者行动——第一次呈现在团队面前，该团队在布什政府中将完成大部分的政策方面的工作。尽管他们没有做出这些特定建议的决定，Hadley显然得出结论，即需要有一个总统级的国家安全指令（National Security Policy Directive，NSPD）来处理恐怖主义。
日后Clarke会表达他的不满，因为副手们坚持如何应付基地的战略应该构建在一个区域政策的环境下。他担心所得到的好处会被所损失的时间抵消。事实上，政府已经召开了首脑会议讨论伊拉克和苏丹之类的话题而没有什么先期的关于上下文的讨论，而Clarke倾向于类似地向前走，注重于一个较狭小的反恐日程。但是总统的高级顾问认为基地的问题是一个大问题中的一部分，如果不把阿富汗和巴基斯坦考虑在内是无法完成“拼图”的。Rice一直推迟关于基地的首脑会议，直到她的副手们研究出新的政策以供首脑们考虑。
副手全体会议于4月30日讨论了基地问题。CIA的简报幻灯片将基地描述为“我们面临的最危险的团体”，并引述到“在阿富汗它有领导地位，有经验，有资源，是安全的避难所，致力于攻击美国”。幻灯片警告说：“还会有更多的袭击。”
会上，副手们同意给予乌兹别克斯坦以秘密援助。至于北方联盟，他们“同意在此时不作出任何重要的承诺”。华盛顿将先考虑资助其他反塔利班组织的可能。与此同时，政府应该“发起美国对巴基斯坦政策的全面审视”并寻求阿富汗政策的方案，“包括支持政权更迭的选项”。
工作层面的官员们也要考虑采取新的行动，处理恐怖分子的金融活动还有美国在穆斯林国家总是麻烦不断的公共外交努力，NSC员工对此的评价是“（针对基地）我们基本上已经放弃了公共舆论法庭”。
尽管Clarke还是对政策审视的步伐表示担心，他还是看到现在有更大的机会说服副手们认识到恐怖主义的本质已经发生了变化。该战略的成型过程正在进行中。